分科会活動
JPNとPJPのメンバー団体が連携して、フィリピンの開発課題を分析し、それぞれの団体が得意とする各分野：「子どもの教育」、「母子保健」、「有機農業、農村開発」、「在日フィリピン人支援」、「平和構築」、「地域防災」、「先住民族」などテーマ別の「分科会」を設け、学習会、協働プロジェクトの開発等の活動を行ってきました。（ただし、この「分科会」活動は各分科会の事務局能力の限界もあって、大半は3～5年で活動を縮小し、停止しました。
日比NGOシンポジウム
日比NGO間、および他セクターとの情報の共有と連携の構築を目的とし、2010年度末までに「日比NGOシンポジウム」を計３回（2006年メトロ・マニラ タギグ市、2008年東京都、2010年ダバオ市にて）開催しました。本シンポジウムには、フィリピン支援に関わる日比NGO関係者、政府・財団関係者、大学教員・学生等が参加して互いの活動や共通の達成目標について理解を深めた結果、新しい連携が築かれ、協力の輪が広がってきました。
過去のシンポジウムの概要と成果：
第１回 日比NGOシンポジウム 2006年11月24日～26日（フィリピン、メトロ・マニラ タギグ市）
第２回 日比NGOシンポジウム 2008年7月17日～19日（日本、東京都）
第３回 日比NGOシンポジウム 2010年8月25日～27日（フィリピン、ダバオ市）
対比国別援助計画フォローアップ活動
JPNでは、2008年6月に策定された「対フィリピン国別援助計画」が記載通りに実行されているかなどについて、外務省と非公式の会合を行い、情報収集、意見交換を行ってきました。また、2012年3月、「対フィリピン国別援助方針」に対するパブリック・コメントの募集に対し、日比NGOネットワークのメンバーは世話人の名前で外務省に提出しました。
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日比NGO協働基金構想/提言
過去の「日比NGOシンポジウム」で採択された宣言、行動計画により、日比両国の民間セクターと政府等から拠出金・寄付金からなる「日比NGO協働基金」の設立を目指しました。その目的は、日比のNGOが協働して実施するフィリピンの貧困削減プロジェクトや、両国の人材・経験交流プロジェクト、プログラムを推進することでした。JPN関係者の働きかけの結果、フィリピン政府の関係省からは、非公式ながら、基金の構想に前向きの対応を得ましたが、日本側では日本政府の財政状況が悪化し政府開発援助（ODA）が削減される中、また企業を取り巻く経済状況が厳しくなる中で協力を得ることができず、基金の実現に至りませんでした。
比日NGOパートナーシップ（PJP）
「比日NGOパートナーシップ（PJP：Philippines-Japan NGO Partnership）」は、ACC21からの働きかけもあり、日比NGO間の健全なパートナーシップと日本のODAに関心を持つフィリピンの現地NGOリーダーたちによって、2006年2月に設立されました。フィリピンのNGOのネットワーク組織や日本のNGOをパートナーに持つフィリピンのNGOなど、フィリピン現地のNGO（フィリピンに駐在事務所を置く日本のNGOも参加）を中心に、貧困削減を目指して日比両国NGO間の連携を促進することを目的に活動していました。